| Match Schedule for Шкупи (млад.) |
| MD | Date | Time | Home Team | Away Team | Result | ||||||
| 1 | 20.08.2016 | 12:00 h | Шкупи (млад.) |  | - | | Пелистер (млад.) | 1 | - | 0 |  |
| 2 | 27.08.2016 | 12:00 h | Милано (млад.) | | - | | Шкупи (млад.) | 0 | - | 0 |  |
| 3 | 03.09.2016 | 12:00 h | Шкупи (млад.) | | - | | Победа (млад.) | 1 | - | 1 | |
| 4 | 10.09.2016 | 12:00 h | Брегалница (млад.) | | - | | Шкупи (млад.) | 1 | - | 0 |  |
| 5 | 17.09.2016 | 12:00 h | Шкупи (млад.) | | - |  | ФК Гостивар (У-19) | 4 | - | 3 | |
| 6 | 24.09.2016 | 12:00 h | Работнички (млад.) | | - | | Шкупи (млад.) | - | |||
| 7 | 01.10.2016 | 12:00 h | Шкупи (млад.) | | - | | Металург (млад.) | - | |||
| 8 | 21.10.2016 | 12:00 h | Шкендија (млад.) | | - | | Шкупи (млад.) | - | |||
| 9 | 05.11.2016 | 12:00 h | Шкупи (млад.) | | - |  | ФК Ренова (У-19) | - | |||
| 10 | 19.11.2016 | 12:00 h | Шкупи (млад.) | | - | | Вардар (млад.) | - | |||
| 11 | 26.11.2016 | 12:00 h | Акад. Пандев (млад.) | | - | | Шкупи (млад.) | - | |||
